神獣の聖域の進め方

自分は途中までしかやってないので、確実なことは言えませんが、
有利になるとか考えず、実装順にやるなら
ティグノス（黄）→ガラゴーラ（緑）→レキオウ（赤）→ツァイロン（青）です。
それぞれのところに入ってボス以外のところを3つクリアするとボスを倒すために必要なキャラのステージが現れます。
そこをクリアして（そのキャラが3、4体必要な場合もあり）、ボスのステージに行くのが手順となります。
ただ新しい狩人の方が優れているので、逆からやることで、ティグノスなんかはいきなりボスのステージだけやれば良いことにも出来ると思います。
楽しみ方はその人次第なので、なんとも言えませんが、楽するならツァイロンから初めて、全部やるのもありかと思います。

とりあえずどれからでも良いからスレイヤー全部クリアして艦隊組めるようにしておくと良いと思います。
要らない子もけっこう居るので最後まで使わなかったスレイヤーはくっつけちゃっても良いと思います。
それから運極目指すなら

タオダオ→ティグノス(光)用
ルウイン→レキオウ(火)用
ロシーダ→ガラゴーラ(木)用
アスト→ツァイロン(水)用

この4体を運極にしておくと良いかもです。
ツァイロンの途中で投げ出して記憶がちょっと曖昧ですが…

とりまスレイヤー関連を全て攻略。
本丸はスレイヤーありきなのと、ティグノスやガラゴーラ道中とかは他の場所のスレイヤーがある方が楽なので。

その後に各本丸をクリアーしてから対応運枠作り。
(ルウイン、タオダオ、リルディorアスト、ゲルナンド)

運枠作成周回し易い順でやるのもありかと。

全部集める予定なら周回出来るようにしてから考えても遅くはないです。オーブ回収も出来ますので。
野良は旬を過ぎてるのでやめた方が吉。集まりません。

悩んで何もやって無いならまずやってみる。時間の無駄です。