素朴な疑問

原作では、元の人格のマリクに千年ロッドやらクズ父親やらの闇てんこ盛りな経緯があって闇マリクの人格が生まれたと記憶してます。(そのせいもあってか元人格も少しおかしかった)

それに準ずるのであれば闇属性が妥当ではありますが、遊戯王自体が闇と光の物語なので、素直にやるなら

闇：遊戯、城之内、杏子、闇マリク、闇バクラ、ペガサス、キース
光：海馬
木：HA☆GA、舞

と、非常にアンバランス。その後のシリーズでも同じ感じになるくらいに徹底して光か闇に偏ります。

明らかにまずい偏り方なので、やむなく色合いで分けたのだと考えられます。
ちなみにペガサスのサウザンド・アイズ・サクリファイス、このカードの原本はこんなに青くないです。恐らく、このカードの前座的なカードであるサクリファイスが青かった事から水属性に設定し、その色味に寄せたのだと思われます。

マリクが光属性ではなく　使うモンスター（ラー）が光属性で納得できませんか？

モンストはそのキャラの容姿や色分けで属性を決めてるように感じます。
選ぶ5キャラで決めてるかと思いますが、降臨は今回の5キャラでまんま決めやすい木属性な羽蛾、闇は原作読んでもらえればわかるのですが、バクラが1番似合います。

残りは火か水と光ですが、私的にマリクが当てはまりやすいのは闇か光か火だと思います。
マリク自体が闇人格で闇と思われがちですが、見た目金髪、使うラーが太陽神で色が金色でピカピカしていて、使う攻撃は火の攻撃です。
超究極は使用出来るキャラが直近火、闇、木とあったので光に落ち着いたのだと思います。
あとのペガサスとキースは空いてるところという感じですね。

原作知ってるものですが、確かに仰るとおりでマリク自体は
闇の人格を持っており、その人格は残虐非道な性格です。

補足すると、元の人格は影はありますが、闇の人格ほどではないです。
また、モンスト内で登場するマリクは、闇の人格に乗っ取られたものであり、本来の人格は登場しません。


なぜ闇属性じゃないかというと、他の方も申してますが
ラーの翼神竜が太陽神を連想されるイメージという意味合いで光にしたという事と
闇属性の超究極キャラが増えすぎていたという可能性もあります。

禁忌１５獄の降臨適正を出したかったからなのかなと想像しました。

あと、イメージは闇っぽいですが、ラーは光のイメージありますし。

ラーが黄色だから

主人公がいて、敵対勢がいれば、例えば正義と悪、光と闇みたいになるでしょう。それを5色に振り分けるのです。キャラのイメージ色なんだと思います。
情熱的なら赤、火
クールなら青、水
癒し系なら森、木
明るい、社交的なら黄、光
影があるとかなら黒、闇

5属性被り無く出すとき、ボス的なキャラ出すと闇ばっかりになりますからね。

ネタバレになるかも知れないですが
今回の遊戯王キャラに5属性付ける場合

水 ペガサス モンスターはトゥーンデーモン(進化前)、サクリファイス(進化後)どちらも闇属性
ただサクリファイスは儀式カードでカードの枠が青い→だから水？

火 ヴァンデッドキース モンスターはスフィアボム(進化前)リボルバードラゴン(進化後)どちらも闇属性
使うモンスターが火器系だから火(予想)

木 インセクター羽蛾 虫野郎だから木

光 マリク 闇人格だから確かに闇っぽい、ちなみにモンスター絵のラーは神属性
太陽神ラーだから光かな

闇 バクラ パペットマスター(進化前)ダークネクロフィア(進化後)どちらも闇属性
アニメだとバクラはラスボス的存在で、闇が深いのはマリクよりバクラかなぁ…だから優先的に闇

って感じですかね。

遊戯王は詳しく知らないのですが、全体的な色合いが闇よりも金を基調としている事
ラーの翼神竜がいかにもな光属性だから、ではないでしょうか？
表面的な属性が光だとしても、その心の中は邪悪ってキャラもいるでしょうし
逆に闇っぽくても心は清らかな暗黒騎士なんてのもいる訳だから・・・
まあ、降臨モンスターは各属性で揃えるとなると、色合いを考えるとバクラの方がより闇属性っぽいですしね