ホシ玉って限定出るんですか？

少々言い方がキツイかもしれませんが、公式ぐらい目を通してから質問したほうが良いですよ。

以下転載
「ホシ玉ガチャ」で排出される対象のキャラクターは、「ホシ玉のカケラ」が50個に到達した際に引いていたガチャの内容となります。排出されないキャラクターも同様です。

このように記載されていますので、質問主様の仰るとおり限定も排出対象です。

50個溜まったときに引いたガチャが超獣神祭であれば含まれます。
公式の説明読めばすぐわかります。

ガチャ毎に星のかけらが設定されており、そのガチャで50個貯まったら引けるものだと思います(^o^)

これがガチャ間の持ち越しって事だと思われます

でると書いてあると思いますよ。
てか対象ガチャ間の持ち越してのが、どういう事なのかまだ疑いをもっており、50個貯まった時のガチャ対象にがわかりません。

まだ引いてないのでわかりません。

現段階で公式を見た限り、どのガチャが対象なのか書いてないと思います。
わざわざ「対象のガチャならカケラがもらえる」とあるので対象外のガチャがあるのではと思ってしまいます。
激獣や超獣も対象だといいですね。

対象でしょう。
今年もあるのなら、年末1回限りのオールスター感謝ガチャでのかけら50個到達が気になる。

確かにあの文章からは、わかりにくいですね
星6対象の時は星6と書いてありますが、限定は特別扱いになってると考えると出ないですが、ガチャのルーチンを考えるとわざわざ専用ルーチンにしていないと思われます