グングニルαの強化

チャンドラブースト以外では特に問題ないですね
紋章は闇心得を付けていない限り闇魔導師に火力は変わりませんし、超戦型も闇には効果なく光に対して属性倍率超アップで10%与ダメ増加です
ボス2とラスゲだったかな？
弱点がある闇魔導師には弱点キラーが刺さってしまうので特に強化しなくても倒したと思います

チャンドラのバフをかけたとき限定でボス2の闇魔導師を友情で倒してしまいます。
これに関しては遊撃×、レベル120×、超戦型は友情の威力が上がるか私はわからないので威力が上がるなら×。
アンチテーゼでストレス無く周回したいのなら加撃盛りや紋章の対光くらいにしておくべきですがしっかりルート見つけられるなら別に気にせず強化しても行けます。

チャンドラでブーストした後に、倒してはいけない敵まで倒してしまい、残りの全ゲージ飛ばしが出来なくなる。
なのでチャンドラがラックマックスなら運3で最後のゲージ2つをほぼプレイしなくて良くなるメリットが得られない
チャンドラがマックスじゃなくても一番めんどいところを飛ばせたりメリットはあります。
今後もこのような打ち分けクエが来ないとも限らないので、紋章や実以外の強化は後戻りが出来なくなる。ってところですかね。
自分は複数は持ってないし、禁忌24はすでに安定してるので強化は控えてます。レベルとかを巻き戻してくれるアイテムさえでてくれば良いんですけどね。
　禁忌２４は毎月一回クリアできればいいだけなんでグンアル固定フレを確保しておけばいいかと思います。降臨以外の適正がほとんどいない場合にはライン突破グンアルは必須級なのでそういう人は探せば居るでしょう。

もうひとつの実が撃種の加撃系だと調整したキャラが闇魔導師に通ってしまうことがありますが、気になるのはそのくらいですかね。

すでに他の方も回答されていますが、チャンドラSSでブーストかけるときに闇魔導師倒す事故があるくらいですね。

ごーずさんのアンチテーゼ動画を見ると詳しく解説してくれていますよ。YouTubeで検索すればすぐに出てくると思います。