超絶運極→超絶廻へ

ヤマタケのラックをヤマタケ廻が食ってしまったので、当然ヤマタケは運極扱いから降格します。どちらか1体の運極で2体運極扱いにはなりません

トータル運極数は−ヤマタケ運極＋ヤマタケ廻運極だからプラマイ0ですね！

そのキャラクターを入手したことがあるかないかはモンスター図鑑の明暗で判断できます。
質問主さんの場合BOXに今現在ヤマタケが0体だとしても、モンスター図鑑のヤマタケは明るくなっているはずですし絶級の記録のヤマタケもクリア！になっていて「所持していたことがある」となっているかと思います。

また集めなおすとこうなるから頑張ろうず( *˙ω˙*)و
（※隣に居るけど零は本家じゃラックが上がりません）
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未所持扱いにはなりません。
その他→ストライカー情報→ボーナスで、
絶級の記録を見ればヤマタケ廻クリアかつヤマタケ運極所持となっていることがわかるでしょう。

トータル運極数はヤマトタケルの分は減りますが、ヤマトタケル廻の分が増えるので変わらないです。

ラック表記に関してですが、ヤマトタケルの運極がボックスに存在しないので書庫での表記はされませんが、絶級の記録では運極作成済にはなっていますし、絶級トーナメントはヤマトタケルに当たった際にヤマトタケル廻のラックが高いほど棄権する可能性が高くなるのでボックス上は未所持でも、所持扱いになっていると思います。