モンストの回答詳細

南蛮 Lv2

「超AGBが発動しない」ではなく、「超AGBキャラがGBに掛かっている、もしくは完全にGB内にいる際にSSを打つと超AGBによるスピードアップが発生するときとしないときがある」です。
自分も超AGBを持つメルエムとパンドラ、ロミオで簡単に検証しましたので間違いないです。
SSカットイン時に「スピードアップ！」表示されると（事実上）スピードアップしませんし、SSカットイン後に「スピードアップ！」表示されるとスピードアップします。
恐らく、前者は停止状態にスピードアップ倍率が掛かり、後者は初速にスピードアップ倍率が掛かっているのだと思います。
今のところ発生条件が分からないので、ランダムだとするととても割り切れるような性質ではありません。