シンジ初号機出たのですが・・・

クエストによって適正が違うのでなんとも言えません 手持ちと相談して決めましょう

現段階では、光シンジの活躍の場が一番多く見られます。
・・・が、今後の降臨次第では進化ｏｒ水神化適正の可能性も出てくると思いますので、自分のオススメとしては、進化にして手持ちと相談しながら、素材はストックしておき、水、光に神化できるようにしておけば良いと考えます。
素材はコラボ限定なので、多めにストックしておいたほうが良いですよ。

手持ちによります！私はいいですが真面目に回答してくれてる方に少しはｺﾒ返してあげた方がいいと思います！

それぞれ適正クエストが違いますので、
神化素材を複数回分取得しておいて
手持ちＢＯＸと相談しながら
進化神化を行っていけばいいと思います。

例えば
イザナミ適正が少なければ進化。
ツクヨミ適正が少なければ光神化
等

皆様がいっているとおり一番のお勧めは光神化ですね。
なんてったって貫通メテオの持ち主、光属性は３人しかいません。
クレオパトラとヘラ、そして光シンジですね。
光AGBは激戦区ですがそれでもたった３人しかいない貫通メテオ枠は貴重だと思います。
今回の新コラボでも自分は光シンジを連れて行っています。ラーもダヴィンチも貫通メテオでサクッと減らせるのがいいです。

時点で水進化ですね。水AGBもこれまた強力なキャラがそろってますがその場で打てて、壁越しATF越しにうっても１００万出せるのはなかなかいないかと。
友情も反射レーザーで優秀ですしお勧めです。

ちなみに光シンジ・進化シンジ２体持ちですが使用回数は光神化のほうが多いです。

まだ手持ちがそろって無いなら光のほうが汎用性が高くていいと思います。
光AGBの手持ちがそこそこあるなら進化がいいと思います。
水神化は貫通より多くの敵に当てられるので意外と便利でしたが。

あるいはイザナミ周回したければ進化、ツクヨミ周回したければ光神化と考えても良いかもしれません。

実際のところ、どちらも強いですし手持ちと相談して決めるべきかと。
強いて言うならば光進化でしょうか…
メテオSSが非常に強力な上にそれと相性のいい貫通+AGB持ちですから。
水神化も悪くは無いんですがこちらはSS等変わらずで反射になります。
できるだけ多くの敵に当てる必要性があるのがメテオ系ですし、
ちょっとテクニックは必要になってくるかも。

あ、でも進化も十分強いですよ!
SSや友情は神化に負けず劣らず強力です!
多分ですが、イザナミとかには連れてけそうな気もします。

メンバー次第ですが。
自分は光が良いと思います、特性に左右されないので多くのクエストに連れていけます。
水にしたら、火だけに特化しますので出番が少なくなると思います。