モンストの回答詳細

マインスイーパーが他の手持ちにいるかいないかで決めればいいと思いますよ。

進化はステータスが低い代わりにADW/MSのダブルアビなので、
クイバタなどのDWと地雷がメインギミックのクエストで活躍します。
この木属性・ADW・地雷避け　という性能は、クシナダやギムレット、ポルターガイストなど、代用となるモンスターが数多くいます。

神化は、毘沙門天の最適キャラです。ADWのみですがステータスも高く使い勝手が良いです。

ということで、
・始めたばかり　・手持ちが少なく、マインスイーパーが少ない　・降臨を周りはじめたあたり　・クイバタ運極欲しい　→進化
・手持ちが充実してきた　・クシナダorギムレットがいる　・超絶に行く頃合い　→神化

というように、使い分ければいいと思います。
個人的に、ユグドラシルは神化させるのが簡単なので、リセマラで手に入れたものでなければ、まずは神化させて獣神玉を節約します。
もちろん、進化→神化スライドも簡単なので、ヨルムンとヘルが来ているときに大量にストックしておけば、好きな時に進化/神化を選べますよ(贅沢なやり方ですが)
いちいちスライドして使うのが面倒くさければ、それぞれの形態で使う予定のクエストで気が済むまで使いまくってからスライドさせればいいです。