ボーナスステージについて迷っています。

経験値も画像の通りなので、初陣～歪みの穴くらいまでなら、進めても何ら心配いらないかと…。

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ノマダンを周回してランク上げする気があるならば気にする必要はありません。ボナステでなくとも最上層で経験値2倍で学び特級なら13000程度です。ボナステ2倍を捨てても10回20回で上回ります。ボナステ2倍を待ってそれ以上登れない状態にするよりも、さっさとボナステを消化してより上層を2倍の日に周回した方が稼げます。

極寒の地のボナステから経験値5万超え。
その辺りまでに無印学び特級(当然MLも可)を自前で用意して、特L用意出来なければ保険として、未フレ枠の特Lにフレ申請。

ボナステ経験値5万超える前に、勿体無いと思うなら、その前辺りでの保留もありだと思います。

多少は損ですが、学び特Lを用意したりする時間を考えれば気にせず進めまくったほうが断然特です。
どうせ序盤のボーナスステージは大して経験値くれませんし。

ランク上げは効率も大事ですが時間との兼ね合いの方が大事です。

最初の内は気にする必要ないので、ドンドン進めて大丈夫ですよ。待ってても時間の無駄です。

初陣のボーナスステージの獲得経験値なんて微々たるものです。
(確か数百p程度)
これが、２倍イベ×1.6(特L)で3.2倍になっても、増える経験値も数百〜1000前後。究極1回分にもなりません。
こんな僅かなポイントの為に何日も待つのはバカバカしいです。

ただ、ある程度進むと、ベース値で数万〜10万超の経験値が得られるようになります。こうなってくると、それが3.2倍になるのは相当大きいので、２倍イベントまで待つのもアリかも知れません。

ランクなんて気にしないに限る。
損するの称号くらいだし。
ノマダン全クリすれば書庫まではいけると思うし。

経験値2倍って月に2回くらいはありますが、実は結構意地悪な順番でスケジュールが組まれてます。闇の次に光だったり、木の次に火だったりと。

なのであまり気にしていても先に進めないし、それで待ってる間にノマクエの上の方を周回してた方が経験値は稼げるのではないでしょうか。

ただ、最後の2ブロックくらい(砦シリーズとその前)は確かに勿体ない感じなので、可能な程度でクリアのタイミングを調整したら如何でしょう。