「仲間たちを率いて敵へ撃ちこむ」

号令には二種類あります。

「味方を動かし敵へ撃ちこむ」
　当たらなくても全員が動く。通称：大号令。例：クシナダ、ルシファー

「仲間たちを率いて敵へ撃ちこむ」
　当たったキャラクターが動く。通称：号令。例：龍馬、ナポレオン

号令はSSを使ったキャラクター（A）が当たる前に、動かされた別のキャラクター（B）が当たると、そのキャラクター（C)の友情が発動してしまい、以降AがCに当っても動かなくなります。
友情発動の代わりに動くというのが号令の仕様なので、友情が発動しちゃうともう動きません。

ただし、例外として神威は友情が２回発動させられるので、号令でも２回動かされることが可能で、友情発動→号令で動く、も可能です。

号令SS使ったキャラが最初にあたる→弾かれる
弾かれたキャラが最初にあたる→友情発動

ちなみにプラズマや追従型貫通弾などは
あたったキャラではなく、
友情発動したキャラと号令SS使ったキャラの間に発生します。

号令SS持ちのAがBを動かしたとして、
Aよりも先に、BがCやDに当たると友情コンボを発動しますので動きません。
分かりにくかったかな。

号令打ったキャラ本人が当たれば全員動きますが、打った本人でなく弾かれた他キャラが当たれば友情が発動するだけで、そのキャラは動きません。

全員動かす為には、全員に打った本人が一番先に当たる必要があります。

号令ＳＳで動かされた仲間が別の仲間（仮に仲間2とする）に当たると、その仲間2は動かずに、友情を発動します。味方を動かすＳＳなのに何故友情が発動するの？という質問の答えでもあります。ちなみにですが、号令ＳＳを打ったキャラは、最初の仲間に触れたときに自身の友情を発動するはずです。

大号令は全員ですが、号令は1体だけ誰かに当たり友情が発動したら止まるようになってます。