バグですか？仕様ですか？

正確には「将命で削った分以上のダメージを与えてバベルを倒したから電撃が発動した」のです。

進化パンドラが居ますね？エナジーバーストは時として大ダメージを与えるため、留意が必要です。

要するに
①＼＼\\٩( 'ω' )و //／／将命発動！
②(( _ _ ))..zzzZ⬅︎電撃発動役はまだ
③( ง✧□✧) ̵͞͞꜆ ͞꜄͟͟ ͟͞ ꜆将命削り以上のダメでトドメ
④Σ('◉⌓◉’)なんじゃあ⁉︎⬅︎電撃発動役が起動
⑤((((；ﾟДﾟ)))))))ビリビリィ！
⑥_(:3 」∠)_アイバー❤️

仕様です。将命削りで削った以上のダメージを与えてしまうと場外のボスも倒してしまうので電撃が発動します。

過去の回答にもありますが、
35階の中ボスバベルは、それと別に本体がステージ外にいるものとなっているそうです。
将命持ちがいるとその本体のHP（たしか300万）を削るるため、
分身300万、本体264万（将命特として-36万）になり、
264万以上300万未満のダメージを分身に与えた場合、本体の撤退のみとなり、分身の撃破時の電撃は起こらないとのことです。

タイトルの質問に答えるなら、仕様です。

確か将命+残りHP以上のダメージ与えてボス倒すと電撃発動する仕様だったと思います。

分身が撤退するまでに分身のHPをすべて削りきったから発動したんだと思います( 'ω')

ドクロを持っているのが本体ではなくて、画面外にいるのが本体なんですよ。
ですので、将命削りで削ってもオーバーキルしてしまうとドクロが発動してしまうんですよね…
回答は使用です。