チョコボはFFコラボボーナスを貰えるのか

自分で出来ることは、ここで聞く前にまず自分で試しましょう。
それが一番の解決策。

質問文が非常に短いので質問主様の質問の意図がきちんと
汲み取れないので見当違いのご返答になるかもしれませんが
そのあたりはご了承いただけたうえでのご回答となります

まず、チョコボで道中チョコボ乱入で卵ドロップですが
これは確かめてはないのですが「ほぼ間違いなくドロップする」
で間違いないと思います。

その上で「チョコボ」という☆5でありギミックに非対応
（対応ギミック：ＡＷ、アンチブロック）のクエストに連れて行く
という事は
質問文にある通り道中でのチョコボ乱入によるドロップ以外に

①：ラック９０状態で連れて行くことにより道中のハート沸きを
　　少しでも良くしたい。もしくは運極ではないがかなりの確率で
　　クエスト終了後にＢＯＸが出るのでそこからのアイテム獲得を
　　目指したい

②：☆５である事により総ラック２３となり宝石を少しでも稼ぎたい

の条件も満たしたいのだと考えております。

その上でまず①についてですが
基本的にモンストのコラボイベントにおける「常設降臨（24時間降臨）」
は最終ボスを倒した時に得られる金卵（直ドロ）のみで時々
中ボス撃破時のドロップとダメトレによるドロップがあるだけです
ですので運極やラック９０を連れて行く必要性はないと思われます。
またハート沸きに関してですがどうしても運極を連れて行きたいなら
ＦＦコラボ第一弾のセフィロス（ＡＧＢ、ゲージ：アンチブロック）
を編成に入れてみればいいのではないかと思います。

続いて②についてですが、もし☆5で宝石稼ぎをされるなら
イベントクエストのクジャ（飛行、ゲージ：ブロック・ロボキラー）
オーブに余裕があるならガチャ２、３個ひいてコラボ☆4-5キャラを
ひけばほぼ確実に☆4-5キャラがひけるのでそれをつれていけばいいと
思います。

ちなみに私個人のジェクト攻略のパーティ編成は
運枠：セフィロス
２枠：猪八戒（獣神化）
３枠：ゴン（神化）
フレ：デドラビ（獣神化）
この編成で問題なく周回できてますのでご参考にしていただければと思います。

勿論FFキャラですので貰えますが性能面では入れたくないのでフレンド、ガチャ限の星5、降臨の星6などを入れた方が良いと思います。

ジタン入れたらわりとチョコボ出ますね(*￣∇￣)ノ
2ドロさせてくれるときもありますので入れてもいいと思いますよ。

話の腰を折るようで申し訳ないのですが・・・。

例えチョコボが対象になってたとしても、ジェクトに連れていく必要性がそもそもないと思います。
スペックが高いというワケでもなければ、ギミックに対応しているワケでもないです。
コラボイベントを一通りクリアして得られるであろうオーブを使ってガチャを回して（勿論理想は星５勢ですが）ジタンかバッツを狙うか、
セフィロスかジェクト自身を連れて行った方がまだ戦力になるのでは？

ガチャだけです。降臨キャラやイベ配布は対象外だったはず