弱点ヒットの倍率

ダメージ３倍が追加されるいわゆる「弱点」はあくまで「☆」マークが表示された部分のみになりますので、☆マークの無い「判定点」（弱点が周回する３点)を貫通等で通過しても３倍になるわけではありません。

また主さんが仰っている貫通キャラがボスを貫通した際に「イメージ的に(ダメが)倍になってるような」というのはあながち間違っていません。

たとえばボスにある３点の判定点の内「弱点でない２点(通常判定点)」を通過した場合は攻撃力が20000だった場合「20000×通常判定点2＝40000ダメージ」となり、「弱点と通常判定点１点」を通過した場合は「通常判定点2」に「弱点判定3」が「プラス」される形になり「20000×（通常判定点2+弱点判定3）＝100000ダメージ」となります。

またボスの判定点は比較的大き目の○の形をしてるので、貫通で通過する際は大体２点を通過するのですが、まれにイザナミの頭等の１点だけを貫いた場合は「20000×通常判定点1＝20000ダメージ」、そこが弱点だった場合は「20000×（通常判定点1＋弱点判定3）＝80000ダメージ」となります。

その様子が良くわかるのが↓の画像で、タスカンした進化ゴースト(攻撃力28441)が左上の赤○から右下に向かって貫通し、「１点の通常判定点と弱点(緑○)」を通過した際のものです。
この場合は「28441×(通常判定点2+弱点判定3)＝142205ダメージ」を受けているのがわかるかと思います。（内部計算上の誤差で1違います）

また「判定点」でない「母体」に当たり判定があるのか？ということですが、これはありません。
判定点は比較的大き目の○の形をしていて３角形にバランスよく配置されていますので、反射であれ貫通であれどこからあたってもいずれかの判定点(円)に当たるようになっています。
ただ弱点に関してはこの判定円の置かれた面側から中心近くにヒットしないと弱点ヒットと認定されないようになっているらしく、反射で弱点近くを叩いても弱点ヒットと認識されない場合があるのはそういった理由からのようです。

また余談ですがボスによってこの判定円の位置が外側に「露出気味」だったり、内側に「埋め込み気味」だったり違いがあるそうで、例を挙げるとイザナミは露出タイプなのでマッチショットがしやすく、逆にクシナダは埋め込みタイプでマッチショットがしにくいのだそうです。

長文失礼しました～参考になれば幸いです^^/

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弱点として表示されていない所を通過するとHIT数、ダメージには加算されますが3倍の恩恵は受けられません。

表示されてない弱点の３倍はない。
あったらレーザーSSのダメが3x2で6倍とかになるっしょ。

表示して無い場合は、倍率はありません。
貫通の場合はカンカンできない代わりに攻撃はあたり判定で通常の攻撃より多きいです。　

表示されていない弱点はカウントされないと思います。
そうでないと弱点露出SSの意味が少なくなるので。