獣神化のSS一段階目と二段階目とどちらで発動させるのがオススメですか？

完全に状況次第としか言えません。

例えばアカシャやナギ零といった魔法陣の出るクエストではアラジンやランスロット、ジークフリートのようなターンの短いSSは一段階目で使った方がいいですし、ラファエルなどは二段階目まで貯めると破壊力のあるSSになります。
吹っ飛ばし系は二段階目になると固定ダメージが増加するので出来るだけ二段階目まで貯めた方がいいです。


ただ、次が即死やアイバー直行ならば号令は一段階目でも使った方がいいです。
特にウリエルは貫通で自速の倍率が高いので味方に当たりやすく、状況を打破しやすい良キャラです。

一言で言うと、状況に寄ります。
例えばアラジンのSSは、魔方陣があるクエストでは8ターンで使い続けた方が良いですし、ランスロットの様に一段階目は魔方陣(ブロックも)回避、二段階目はダメージソースにと段階で思いっきり目的が変わる物もあります。
また、道中の大変さや、ボスのラスゲの難易度にも寄ります。
例えばラファエルは、道中がキツイなら一段階目で3巡毎に撃った方が良いですし、ラスゲが難しい二段階目まで溜めた方が良いです。
要は、その時その時です。状況に寄って変わるので、どちらが良いとは言えませんね。

時と場合による(・ω・)

他の方も仰ってますけど状況次第ですね。基本は二段階目で発動するでいいとおもいます
個人的に、獣神化キャラはSSを2個持っているって考えています

例えばラファエル、序盤から雑魚殲滅に使えるけどボス戦では少し物足りない12ターンの弱号令とボス戦でのメイン火力になる26ターン
の強号令に分かれますね。この二つを持っています。この二つをうまく使い分ける事で選択肢が増えるのです

後一歩で死んだ時とかにここでこいつのSSが溜まってればって思ったことありませんか？そんな時はやはりターン数が軽いSSの出番です。なのでとっとと使ってしまいましょうでもやばい時が無ければ軽いSSは火力不足なのでもっと高火力のSSが欲しくなりますね。そんな時は2段階目まで溜めればOKです

ってことで、どちらで発動させたほうがいいって考え方よりも1段階目という選択肢を得たと考えた方がいいのではないかなと思います

時と場合、あとキャラにもよるのでは
例えばワールドとかは遅延なので二段階目の恩恵はあまり大きくないですし

場合によりけりですね。例えば1段階目と2段階目で4ターンしか変わらないタイプ（天ウリなど）は状況に応じて1段階目でもうつこともあります。敵のHPが1段階目のSSと他のSSで削り切れるとき、打たないとまずい状況になるときなどがこれに当たります。

他にもナギ零やアカシャなどのひよこ床が存在するクエストではアラジンやランスロ、スフィンクスや半蔵など短めのSSは安定をとるために1段階目からガンガン使います。もちろん温存できるなら2段階目をボス戦まで温存した方が強いわけですが、それで負けてしまっては意味がありません。

1段階目で打つ場合はちゃんとこういった理由が存在します。2段階目まで溜まるときは1段階目を使う状況が発生しない場合なので、深く考えなくていいと思います。なので2段階目まで溜めるべき、と考えるのではなく1段階目で打つべき状況かどうかを考えることが大事ではないでしょうか。

やばいと思ったら打てばいい。ss使わずにいけるのなら、二段階目まで貯めたほうがいいと思います。