データの引継ぎができないのですが…

複数のモンストアカウントのバックアップを管理したい場合は、XFLAG IDも同じ数だけ取得しないとダメです。１つのモンストアカウントに１つのXFLAG IDでつがいにしておく必要があります。

主様のように同一のXFLAG IDに複数のモンストアカウントのバックアップを作成した場合は毎回上書きしている状態になりますので、1番最後にバックアップしたアカウントデータしか残りません。今回の場合は最後に作成したバックアップがメインアカウントだったので、それだけが残っていて、サブアカウントのバックアップデータは上書きされて消失していたという事でしょう。
状況からして、消失してしまったサブアカウントもモンストアカウントIDは把握出来ていると思いますので、運営に復旧依頼したなら、あとは運営から送られてくる質問メールに解る範囲で正確に回答すれば多分大丈夫です。

また、XFLAG ID作成時に使用するメールアドレスは、連絡用の登録メールアドレスであるとともに、作成したXFLAG IDの識別用ID(ユーザーネームみたいなもの)でもあります。作成時に認証が済んでしまえば、それ以降はそのメールアドレスがキャリア変更などにより実在しなくなっても何も問題なくバックアップ先として使用可能です。ただし、運営側からの連絡メールは当然届かなくなりますので、将来再認証が必要になった際などは使用できなくなる可能性も…。もしも気になるようでしたら、現在のメールアドレスで新たにXFLAG IDを取得して、そこにメインアカウントのバックアップを作成しては如何でしょうか。

XFLAGIDでの引き次は、アドレス、パスワードとＩＤでいつも行っています。
機種変更しても大丈夫でしたので、機種は関係ありません。
同じＩＤでは複数アカウントは不可能です。
復帰以来したのでしたら、そのまま待ちましょう。