引き継ぎ 不安

ガチャやクエスト結果や育成などは常に通信中が発生してサーバに同期されますが、キャラのロック状態など一部のデータは同期されていないようで、バックアップ後に引いたキャラのロックは引き継ぎ時に外れた状態になりますね。
新しい端末に引き継ぐのは今回されたこととまったく同じです。元の端末のモンストを削除する必要はありません（引き継げば元の方は引き継ぎ済みで使えなくなります）。キャラのロックが外れないよう引き継ぎ直前にバックアップしましょう。

主様が挙げられているような、比較的重要性が低い？巻き戻ってもゲーム進行にあまり影響しないようなデータはアプリ内に保存されているため、一度アンストしたりバックアップからの復旧を行なったりすると、初期化されたりバックアップ作成時の設定に巻き戻ったりします。これは普通というか、そういう仕様です。
これらの設定内容を出来るだけ最新の状態で引き継ぎたいならば、こまめにバックアップを更新するしかないですねー。

XFLAG IDでのバックアップになってからは、一度バックアップを作成しておけば(前記のユーザー設定が巻き戻る事を除けば)自動更新されるので、再度のバックアップは必要ないのがタテマエです。ただし、そのタテマエ通りに行っていない報告例も時折見かけますので、引き継ぎ前の端末が手元にあるような状況での引き継ぎの場合は、念の為直前にバックアップを更新した方がよいでしょう(前記のユーザー設定を最新の状態に更新出来るメリットもあります)
また、引き継ぎに際して、事前に旧端末からの削除も必要ありません。何らかの引き継ぎ事故への保険も兼ねて、移行先の新端末で正常な引き継ぎが確認出来るまでは旧端末からの削除はやめましょう！

・引き継ぎ直前にバックアップをしていない(またはできない)状態で引き継ぎを行うと、そのような状態に。
ガチャが最たるものですが、最新の情報(状態)がサーバに常に記録されるものと、そうでないものがあるようです。

・もう手遅れかも知れませんが、ここ最近取得したガチャ限で進化・神化・獣神化させ、そのキャラがボックスにいるにも関わらず図鑑が未取得になっている可能性が。間違っていたらすまぬ。
(本来不具合ですが、公式に仕様と謳ったので、この仕様は改善・変更はされていないと思います。)

・引き継ぎは、『絶対』に引き継いだ先の機器でプレイが出来ることを確認したうえで、引き継ぎ元のアプリを消去またはデータ削除です。
どこにも、そのようなルールはないと思いますが、その手順を怠ると、トラブル発生時に後悔することになると思います。

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するのが1番ですよ( ･ㅂ･)و ̑̑