イザナギ戦でのエクリプスとイザナミの違い

どちらでも良いというのが感想ですが、違いを上げるとするなら･･･

イザナミは火属性なので被ダメを抑えられる、反射レーザーのHit数でアイテム出現が期待できる、また弱点にあてやすいので弱点Hit時のアイテム出現も狙いやすい。特に後者の弱点Hit時のアイテム出現は反射レーザー経由で壁カンにぶっこんだ際に出るとお得感が大きい。イザナミが多いとクシナダMAPでSSを容易に溜められる。

神化エクリプスは反属性なので被ダメも上がるが与ダメもあがるので壁カンを狙うならイザナミより期待できる、ADWで壁カン時のDW被ダメが無いのでハート運が絶望的な時の拠り所にはなる、メテオに低確率だが睡眠効果が付く(睡眠が邪魔になる場合もあるので使うタイミングを選びますが･･･)。

サポートに出ていればたまにエクリプスを使いますが、メテオなら誰でもいいのでそこまで気にしたことは無いです。

元々エクリプスとイザナミを組ませると実質的に片方のメテオが弱体化しますからね。
最後雑魚を巻き込んでメテオ3発分ってのが片方使えなくなりますし。
それはイザナミ2体でも同じですが。

一番のメリットはダメージウォール気にしなくてもいい所でしょう。
結果的にイザナミが無難に攻めることしか出来ない場面でダメージウォール気にせずカンカン出来たら与えるダメージは高くなりますし、あまりダメージは高くないとはいえ、予期せぬ跳ね方で何回もダメージウォールに突っ込んだら敗因になりますので。

エクリ
○パワー型で闇のため、狭い場所でカンカンできればダメージを稼げる。
○ADWを持つため、狭い場所でカンカンしやすい。

ナミ
○友情でヒット数を稼げるので、ハートが出やすい。※重要
○エクリよりは他キャラの友情を発動させやすい。※砲台等がいる場合は重要
○エクリよりはメテオを多数に当てやすい。

ってとこですかね。

あと当然ですが、ナミが二人いるとクシ戦が楽になって、タケ戦がいまよりは苦しくなるでしょう。

単純にエクリとナミを比較することも必要だと思いますが、
質問者様がどこで苦戦するのかを考慮して
メンツを入れ替えるのが良いかもしれませんね。

自分もエクリプス使ってますが、道中の与ダメが安定しますね！
わくわく追加で、毒がまんが撃種加速付けられれば役立つんじゃないですか？

ない。

あえて挙げるなら
・ADWもちで安全に攻められる
・メテオがイザナミより強い

ここぐらいです。

メテオもちであればよいので別にどっちでもよい。
攻め方、守り方がそもそもイザナミと違うので、結局は自分がどう戦えるかな？
やりやすい方法でよいかと。
人によって解答は違うと思うから。
イザナミのがいいと思うならイザナミ使ったほうがいいし、エクリプスがいいと思うならエクリプス使ったほうがよい。

一般的にはイザナミが好みの方が多いかなという印象です。
私はエクリプスのがいるならそっちのがいいですね。
好みの違いかと。