モンストの回答詳細

往々往々卯卯卯 Lv51

あくまで予想ですが
キャラパクに近い状況、リタイアのことを考えてみれば、これはクリアしていない、という扱いになるのでしょう。だからキャラパクされたキャラは仮にホストがクリアしても封印されないと思います。

その証拠と言っては何ですが、「封印されるタイミング」があると思います。クリアしないと封印されない→キャラパクされた後に、そのキャラを封印の玉廊の別のクエストで使うことは多分可能(でないとおかしい)

おそらくキャラが封印されるのはリザルト画面に飛んだ際でしょうから、ここからキャラパクされたキャラは封印されないと結論付けます。