高難易度クエストトップ10

体験したものから挙げていきます。
1位：サガクエスト（EXステージ）
行けてボス１面でした。星矢と弱点出しキャラが居るとボス戦から一気にクリアーが出来るとのことでしたが、出なかったため早々に断念。イベント後半ではクリアー出来た方が結構出ていましたがその大半はもうやりたくないとのことでした。

2位：エデン
適正いてもクリアーまでは難関ですね。

3位：デストロイアー
運枠入れてクリアーは出来ましたがコンテなしの勝率が3割を割る状況。ノアが初めて活躍出来た環境だと思われます。だが、あのクエストは苦痛以外何物でもない。まだ爆絶のような清々しさのほうがマシと思えました。

4位：シャンバラ
未だに勝率は２割以下。勝てる時はすんなり行けるし、初回降臨で入手出来たため。

5位：ヤマタケ零
ニードル嫌いになった方が多大に出現したクエスト。今ではすんなり集めている方が居ますし、キャラの範囲も多くなりましたが難関クエストである事は間違いない。

6位：アヴァロン＆ニライカナイ(同率)
腕のアヴァロン、パズルのようなニライカナイ。どちらも降臨キャラを運枠にしてクリアーが確立されたクエストですが、それを怠ると一気に敗北をする。どれだけクエストを理解しており、その場を切り抜けられるかが重要。それでも自分の腕が無ければボス戦さえ辿り着けない。出来るようになるとすんなりクリアー出来るようになる。その為同率です。

8位：大黒天
今までの超絶の常識を超えた難易度。2順目の超絶の中では最高難易度。恐らく爆絶が出るまではこのクエストが頂点だった事でしょう。
勿論、ボス1面でのゲージ飛ばしから、艦隊クリアーも現在では可能。最初からルシファー艦隊でクリアーしている方も居る中、未だに安定しない方も居るでしょう。

9位：初回降臨クラーケン(バグあり)
回避不能の即死攻撃が1順過ぎたころに発動されるため、ノーコンする場合、確実にスピクリが約束されたクエスト。だが、クリアー出来ないレベルではなくそれこそデストロイアのビームが来る前に倒せばよいという感覚で行けば周回すら出来たというものです。なお、大体の方はバグと分っていたため止めていたでしょうが、うちの弟は友人と一緒に周回していたという驚きの記憶を持っています。

10位：初回キュベレー
初ひよこ。
運極にした方々であればもう経験している事でしょう。
自分は超絶よりも廻りたくないクエストです。
アンチ魔方陣なし、獣神化キャラ無し、ガブ無しと非常に辛い状況。今では物凄く楽なクエストとなっていますが、過去に体験した方々であれば分かってもらえる。

塔は1回クリアーしてしまえば終わりという環境ですのでランクすら入りません。むしろ上記クエストは周回するという難易度も含まれるためです。精神状況と忍耐力を考えれば塔は10位同率位でしょうかね。

1.エデン
2.エデン
3.エデン

他の回答者様は答えられているので、非難されると思いますが、トップ10は多過ぎ。せめてトップ5で。
その場合、4位、5位もエデン。

1 エデン
2 38
3 光サガ
4 韮
5 アヴァロン
6 36
7 33
8 31
9 シャンバラ
10 23

１位エデン
２位タケ零
３位ナギ零
４位３８階
５位２２階
６位ヤマタケ
７位２３階
８位シャンバラ
９位大黒天
１０位３０階

大体こんな感じです。エデンとナギ零は未クリア、タケ零はラッキーマッチでの１勝のみとほぼ未勝利のメンツです。シャンバラはミカエルが獣神化してくれたので自陣編成が楽になりました。ヤマタケはなんか苦手です。ずっとやってる超絶の中ではダントツに低いクリア率です。適正もいるのになんか負けます。

1…光サガ
2…エデン
3…ニライカナイ
4…シャンバラ
5…塔38階
6…塔36階
7…塔31階
8…アヴァロン
9…ヤマタケ零
10…クシナダ零

こんなもんですかね、思い出せなかったり何だったりするかもしれませんが。
アヴァは何か楽ですね、明日も周回します。

① エデン
② イザナギ零
③ アヴァロン
④ 覇者の搭38階
⑤ シャンバラ
⑥ 覇者の搭33階
⑦ ニライカナイ
⑧ ヤマトタケル零
⑨ 覇者の搭31階
⑩ 雲母大佐

ちょっと変わってるかもしれないですが、私はこんなところですね。
ツクヨミ零は私の経験値が低いので除外。
現在以降プレイ出来ないクエストは除外しました。
デストロイア、光サガ、キュベレーＥＸとか入れてもいい気がしますけどね。(*´ω｀*)

1位光サガ
2位エデン
3位ニライカナイ
4位アヴァロン
5位シャンバラ
6位塔22階
7位塔38階
8位塔30階
9位ヤマタケ
10位塔31階

個人的に、光サガと爆絶は別格です。
超絶も塔もさほど難しく無いです。
5位と6位の差はかなりあります。

１位38階→ボス２面糞最難関レベル。イケメン死すべし慈悲はない
２位28階→中ボス１面ウザい
３位エデン→ステージ２が本当に難しい…ツクヨミは幼女だと信じてる
４位アヴァロン→火力高いっす!!出雲に抱きつきたい(渇望)
５位～８位無し

９位ニライカナイ→秀吉のお陰で難易度が崩落。ガブリエルのスパッツの下穿いてるの？
１０位シャンバラ→ステージよりも如何にして龍馬に剣を持続させるかが難しい(神化ノエル可愛すぎ…)

1位エデン、2位光サガ、3位デストロイア、4位31階、5位アヴァロンとニラカナとシャンバラ同率、以下零系かな。

1位　エデン
ほんと面白くないクエスト。ワクワクしない。
2位　イザナギ零
ステージギミックにイレバンって書いた方がいいと思う。
3位　ヤマタケ零
最近は慣れたけど周回したくない。
4位　光サガ
あーするな、こーするな・・・だまらっしゃい！！（怒
5位　デストロイア
（いろいろ）がっかりだよ！！
6位　30階
なぜか苦手
7位　36階
適正が薄かったサブ垢とのマルチはほんと地獄だった
8位　雲母大佐
苦手意識のせい？
9位　シャンバラ
剣の管理とかがあってマルチはコミュニケーション必須だから
10位　コノハナサクヤヒメ
実装当初適正少なすぎてそのイメージのまま

1光サガ
無理。。。
2デストロイア
なんだこれ？！（2コンテクリア）
3エデン
カオルシ欲しい～
4ニライカナイ
ガブリエル欲しい～
5シャンバラ・アヴァロン
運1が限界かな
7覇者38階・覇者31階
ボスの攻撃がつらい泣
9大黒天・毘沙門天
事故が多いよ！笑イレバンとか！レーザー重なったりとか！

個人的にはこんな感じでしょうか。長くなってしまうので個別のコメントは３位までにしておきます。

１位エデン(爆絶)
初日の絶望感が凄かった...。一応勝ててはいるけども運任せだった部分も多く安定は到底しそうにないし、できるビジョンが見えない。

２位光サガ(聖闘士星矢コラボ)
ボスが高火力、抜けるのが困難なゾンビループ、即死ビットン...
常設だったため何度でも挑戦しやすかったが、２時間降臨だったらいまだにクリアできていなかったと思う。ＳＳをためることが出来たのが救い。

３位覇者の塔38階
初登場した時は木のＡＧＢもちが少なかったのもあり、クリアするのに丸一日かかってしまった。ボス２でヤマタケの中にハートが出てきたことに何度殺意を抱いたことか(笑)
最近はだいぶ木ＡＧＢが整いましたがいまだにここは苦手意識が強いです。

４位ヤマトタケル零(超絶)
５位覇者の塔31階
６位覇者の塔36階
７位アヴァロン(爆絶)
８位シャンバラ(爆絶)
９位デストロイア(ゴジラコラボ復刻版)
１０位イザナギ零(超絶)

これは手持ちに左右されると思いますが、個人的には、

1､光サガ
2､エデン
3､アヴァロン
4､シャンバラ
5､ニライカナイ
6､37階
7､ヤマタケ零
8､31階
9､30階
10､ハクア

1～4までは現在までで未クリアです(光サガはもうムリでしょうが)。10も未クリアなのですが、前回の挑戦で行けそうだとわかったのでこのぐらいですね。全体的には覇者よりも爆絶のほうが難しいです。爆絶クリア出来るなら覇者は行けます。頑張ってください。

難しい順からいきますね。
1エデン
2はアヴァ、ニラカナ、シャンバラ
5タケ零
6大黒
すみません。この位ですね。塔に関しては最初は31、33、36、38が難しいと思いますが、馴れてくると簡単なのでいれませんでした。
後はそんなに難しいとは思いません。