ナポレオンはゼウスの代わりになりますか？

ナポレオンは進化させる前提で回答させていただきます。

貫通、友情コンボが爆発
という性能だけで使うのであればゼウスのように使っても問題ないと思います。
しかし、ゼウスと違う点はかなり多く同じとして扱うのは少し無理があると思います。
まずは属性が水属性になるので木属性の降臨では本来の力を発揮できません。
次にアビリティですが、ゼウスはアンチダメージウォール、ナポレオンはアンチ重力バリア/神キラーです。
スピードもある、アンチ重力バリアもある、そして貫通タイプ　となるとダメージウォールが発生するMAPではかなりの技量を必要とします。
ですので初心者の方にはゼウスと同様に事故なく扱うのはかなり難しいです。
そしてストライックショットも大きく違います。
こちらもゼウスのほうが使いやすく、ほぼ確実に大ダメージを期待できます。
ナポレオンはとても優秀なキャラクターです。しかし、ゼウスほどの万能性、扱いやすさはありませんね。

メンバー構成は
ハーレーX、テキーラ、ナポレオンorナナミorギムレットで良いと思います。
少し水属性に偏ってしまっているので火属性や光、闇属性の☆５キャラクターを手に入れたいところですね。
ナポレオンでダメージウォールに突っ込んでしまうことが多くなるようであれば
アンチダメージウォール持ちのギムレットに変更する
もしくはナナミを進化させてわざと鈍足にして使う　と事故は大幅に減ると思います。