進化シンジのSSについて

以下の動画を確認した結果、進化シンジ君のSSの特性としては
・最初に触れた箇所での爆発ダメージと直線上への貫通ダメージがある
・爆発ダメージは素の状態で1判定につき191,160
・貫通ダメージは素の状態で1判定につき89,208
・ゲージ倍率は乗らない模様
という感じでダメージにバラつきがあるのは、
ダメージの大きい爆発が多くの縁に当たっているかどうかによって左右されるようです。

① https://www.youtube.com/watch?v=Z6rCw0zLHaA
② https://www.youtube.com/watch?v=rp1cMFcyRjo
③ https://www.youtube.com/watch?v=CFBx99mQOR4
④ https://www.youtube.com/watch?v=g5iqppauevA

①の動画では
貫通ダメージが左縁と弱点の2判定と爆発ダメージが左縁と下縁と弱点の3判定で
89,208*(1+3)+191,160*(1+1+3)=1,312,632

②の動画では
ATフィールドへは貫通ダメージが1判定でキラーが乗って
89,208*1.5=133,812
本体へは弱点への貫通ダメージが1判定とATフィールドへのダメージが乗って
89,208*3*1.5+133,812=535,248

③の動画では
貫通ダメージが右縁と弱点の2判定と爆発ダメージが右縁と下縁と弱点の3判定でキラーと大怒り倍率が乗って
(89,208*(1+3)+191,160*(1+1+3))*1.5*1.15=2,264,290.2

④の動画では
貫通ダメージが左縁と弱点の2判定と爆発ダメージが左縁と弱点の2判定でキラーと小怒り倍率が乗って
(89,208*(1+3)+191,160*(1+3))*1.5*1.05=1,766,318.4

爆発のダメージの方が大きいので④のように弱点露出させた場合は
貫通よりも爆発をより多く弱点に当てるように打つ方がよさそうです。

以上、参考になれば幸いです。

私もよく分かっていませんが…
確認した限りだと、衝撃波（弱点貫通）が最初に攻撃→爆発（貫通しない）が最初に触れたところで爆発、という流れのようです。どちらも当てたほうが当然ダメージは大きいので、弱点に直接当てられる位置で使うのがいいらしいですね。
爆発を弱点ヒット、かつ衝撃波を（マーリンの弱点露出によって）二つ通る位置にSSを打ったら360万出ましたよ～
そして、ダメージ持ち越しについて。これは最近知ったのですが、持ち越せないようです。衝撃波のほうが当たるのは微妙に先らしく、衝撃波でゲージを削りきってしまうと爆発が当たりません。それで30万しか出なかったことも…
また、爆発には友情コンボの爆発と同じく誘爆効果？があるらしく、それで友情コンボが出てしまい、それでゲージ削りきってしまい爆発当たらず、なんてこともありました…ので、あまりおすすめはできません。
こんなに言ってますが、私はシンジを持ってません。マルチでシンジの人を見たり、助っ人として使用した結果です。私は今第13号機運67なので運極まで頑張りたいと思います！

ダメージ持ち越しについてのみ
持ち越しはあります
きっちり当てればだいぶ持ち越せるし
ソロだとその辺を見越したプレイもしやすく便利です

衝撃波と爆発からなる多段ヒットでダメージが出ます
ボスゲージ残量が僅かだとSS撃ってもダメージ乗らず50万前後とかもざらにありますよ
残量低ければ使わないのが良いんですが７ターンのメテオが半端なく強いんでメテオくらいそうなら勿体ぶらずガンガンSS撃っちゃいましょう

進化シンジのSSは色んな噂が流れていますねw
威力のばらつきは正確な事はいえませんが、ボス怒り時のダメージムラと思っています。
質問者様の例ですが、シンジのSSはおそらく2ヒット判定があると思います。
体力ミリの状態だと最初の1ヒット（50万ちょい）で倒して、威力の高い2ヒット目が当たらない事になりますので、控えるべきかと。
見た目ダメージでは一撃タイプですが、ちょっとした小細工がありますねw
ゲージ飛ばしに関しては可能ですね。1ヒット目で体力ミリまで削り威力の高い2ヒット目で飛ばす。こんなところでしょうか…。
シンジ3体連れて尚且つ運極達成でしたら、ゲージ飛ばせる事は知っていそうですが。

しっかり検証したわけでは無いので恐縮ですが…、
まずSSのダメージは爆発と衝撃波に分割されていると思います。
自分の前方(発射方向)に爆発したあと極細の衝撃波を打っている感じ。
大体爆発で50万程度、衝撃波は弱点通れば150万ぐらい。

ボスのHP(そのステージのゲージ)が減っていると最初の爆発でHP無くなってしまう(ステージの撃破判定)ので衝撃波のダメージ入らないようです。
逆にギリギリ爆発に耐えれたあとで衝撃波のダメージ受けると次ステージのゲージ半分くらい減ってることも有ります。

ダメージが安定しない理由として考えられるのは、
①ボス(弱点)に近いほど爆発でのダメージも入る
②衝撃波が極細のために弱点通っているようでちょっと外れてる
③上記のゲージの残量
このくらいでは無いかと考えてます。

あくまで個人的な見解ですのでその点はご了承ください。