紀伊のギミック対策

ADWやAGBがいないと辛いですね。
しかし、1ゲージごとのHPは多くないので、アクシスキラーなどで火力で押し切るのもいいと思います。

紀伊がAGBでももってたらイザナミ戦が【紀伊運極のみ！】って名前だけになりそうですね。笑。紀伊はギミックに対応していないからこその紀伊です。
正しい表現かは分かりませんが、51センチ砲を自動小銃のように振り回そうとしても難しいかなと。笑。
紀伊が使える超絶クエストではイザナミが分かりやすいと思いますが、1と4面の壁カン配置だけで勝ち確です。
配置ができなかった場合でもゲージを飛ばせる強力なSS、キラーＬ特権の全ゲージ飛ばしマッチショットと夢が溢れる浪漫枠【＋運枠】だと思っているので、運用は他のキャラとは明確に違います。
AGBもADWも大量に出てくるクエストに神キラーＬ様のお通りだぜー！はただのアホです。適材適所を心がけて下さい。

それは腕の問題かな。
ただ基本的なことをかくと

・AGBはAGBないなら減速があまりない。

ここが重要なポイントで、バステトのような重力豊富なクエストでも、重力下で動ける場合はカンカン、動けない場合はSSで飛ばすということをしてみるとうまくいきます。

・２面以上のADW
これは単純によけれるかどうかの問題だが、神属性ではないが典型的なクエストとしてファイアードラゴンがこれに該当します。ファイアードラゴンでは雑魚敵とシールドンの間でカンカンすることでDWをよけることができます。また重力にひっかけて減速させる方法も有効です。そして、できない場合はボスを素早く片付けて、DW自体を出さないようにする方法も有効。失敗すれば焼かれます。謎反射が一番の敵ですね。

ギミック未対応のデメリット、キラーLのメリットを比較して連れていくか判断。

極端な話、ダメ壁４面なら連れて行かない。３面なら考える。２面なら連れていくって感じ。

紀伊以外はギミック対応で固める。

他の降臨クエストへ紀伊を連れていく場合ですよね？（汗

基本はフィニッシャーで、道中は他キャラメインです
SSがハーレーＸと同じで威力はわずかに及ばない90万ほどですが
神相手だとそれが2.5倍になるので（ディルチャンドラでさらにブーストかける事もあります）
これだけ強力ですと最終ゲージは紀伊に任せられ他キャラのSSは無理に温存する必要がありません
最終ゲージ以前のゲージ（緑ゲージなど）は他キャラのSSで削るので
紀伊が重力バリアやDWで働けなくても、なんとかなる訳です

もちろん道中もステージ移動前に次ステージを考えた配置も行います
ボスの大きな重力バリアなら、中に入ったままならカンカンできますし
DWも決まった面だったり、決まったターンだったりするので、順番調整

ボス最終ゲージ前には弱点がどこに出ても良いように（空き地があるのならば）弱点2か所が狙える位置に配置（さすがに3か所どこに出ても狙えるってのは無理なので）も考えながらやってます

質問文が少しわかり辛いのですが
『紀伊を運用する際、クエストのギミックにどう対応するか』
という質問だと考えればよろしいでしょうか。

私は、というより大体の方はフィニッシャーとしての運用か
ゲージを飛ばす役としての運用しか考えていないでしょう。

神キラーLの乗ったSSでの圧倒的な火力が
AGBで身動きが取れない不自由さや
ADWで焼かれるリスクを超えるのであれば採用します。
そこまでして使う必要が無いならそもそもPTに入れません。