すみませんが教えてください

お見込みのとおりです。
まあ、降臨キャラに実を食わせたところで割りに合わないので、合成は避けたほうがいいと思います。

公式の２０１５年１２月１７日　Ver５.４アップデート情報をよく読んで見てください。

※運極のモンスターを「素材モンスター」にするため、「運極達成数」がマイナスカウントされます。「運極達成数」が減り、「運極達成数ボーナス」が獲得できる規定の「運極達成数」を下回った場合、「運極達成数ボーナス」がご利用いただけなくなったり、各レベルが下がります。

と書いてあります。

自分10体居ますけど、一体引き換えに使いましたが運極達成数は減ってません！
主さんの場合はちょっとわかりませんが自分は画像の通りです！

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そもそも同じ運極だとカウントされないと思いますが 進化、神化と別れてれば別ですけど

そのとおりです。

英雄の実を持たせて合成すると運極数が減りますのでもう一体必要になります。
あくまで挑戦するためには所有運極数が5体でなければいけないためです。

ただし、運極数でのボーナスはそのまま入ると思われます。
(オーブやキャラはその時点で入手になるためです。)

爆絶の挑戦権は「運極５体所持」なので挑戦できなくなります。また運極ボーナスも数に応じて減ります。とりあえず６体目の運極ができるまでは混ぜないほうが無難でしょう。爆絶がいつくるかわかりませんからね。