ボスは残り体力が少なくなると硬くなるの？

聖矢のssは2回ダメージ判定があります
1回目は当たった瞬間、2回目は爆発した瞬間
2回目のダメージを受ける前に撤退されてしまったのでしょうね。
ギリギリを狙うよりも少しある程度で使うと飛ばせると思いますよ

神化星矢のSSは、2段階目のダメージ前に撤退が確定すると2段階目のダメージが入りません。

この2段階目は少し優遇されており、
見た目が一瞬に見える爆発SSは一番近いダメージ判定箇所で撤退が確定すると範囲内の他のダメージ判定なしで撤退して低いダメージしか持ち越せません。星矢の場合、1段階目で倒さなければ必ず範囲内の全てのダメージが入るので性能は高いですね。

アヴァロンやウリエルのSSを例にたとえてみると、
一回当たりに行った時にサクッてダメージ与えますよね
あれと同じです

星矢は当たってダメージ入って爆発でダメージと判定が2回あります
爆発前にボスのHP全て削ると爆発のダメージは持ち越しませんというかダメージも乗らないですね

リュウとかとは一連の流れが1撃扱いなので

サガは弱点ダメージが６倍になっている反面、弱点以外の部分にヒットした攻撃のダメージは下がっているという噂を聞いた事があります。俺が下手なだけかもしれませんが、ボス戦で削るのさえ苦労しました。当然タス完してますがノーコン、スピクリは出来たこと無いです・・・

弱点に当たってないですね。サガは弱点6倍クエなので、それだけでかなりの差が出来ます。割合ダメージではありません。硬くなるわけでもありません。