最優先運極

爆絶
1,エデン、マグメル
3,エスカト口ジー

超絶
1,クシナダ
2,ツクヨミ
3,ヤマタケ

激究極
1,エレシュキガル
2,光源氏(進化)
3,フカヒレ皇帝(進化)

究極
1,ジライヤ(進化)
2,申公豹(進化)
3,バブルボーイ

各難易度の個人的に優先するべきだと思うキャラを並べてみました

※個人的評価です。

■書庫からのみ
１位→クシナダ
２位→ツクヨミ
３位→光源氏

■降臨全般
１位→エデン
２位→エスカト口ジー
３位→蓬莱

質問者様がどれくらい運極を作っているかで変わるかと思います。運枠少ないのなら断然クシナダですね。
簡単な割りにけっこう使える運枠はDW運枠ならジライヤ、重力ならクイバタ、ワープ運枠は優秀なのが多いのでお好みでいいんじゃないかと。司馬懿もいいけど徳川慶喜はクエスト簡単すぎうるうえに周回も早い。その割りに使い勝手は悪くないですね。

書庫にある激究極以下で。

【激究極】
1位　エレシュキガル
爆絶適正でなく、アンチギミックもADWしかないものの、進化・神化どちらも弱点キラーを持っていて使う機会が多い。

2位　司馬懿
アヴァロン・アルカディアの運枠に使える。
他にも上記の運枠になるキャラはいるけど、司馬懿１体作ればどちらも行けるので手っ取り早い。

3位　おちせ
自分は進化マナの相棒的な感じで使うことが多い。
マグメルではルーペの起爆用に８方向レーザーが使える。

【究極】
1位　クイバタ
ザ・運枠。以上！（ぇ

2位　ジライヤ
蓬莱最適性。マグメル派もいると思うけど、運極難易度・運極にするまでの時間に圧倒的差がある（進化マナ実装後はマグメルの難易度は激下がりしたけど…）のでジライヤ運極にする方が手っ取り早い。

3位　ゴースト
手っ取り早く爆発友情持ちの運枠が欲しいなら。
ツクヨミや黄泉にも一応連れていける…が、激究極の光源氏作った方がいいと思う(;´･ω･)

【星5制限】
ツチノコが爆発持ちで使えるらしい…けど、星5制限用の運90作るのが面倒なので順位付け無しで(;´･ω･)

他にも激究極だとフカヒレ皇帝、みくも、ホールズ・ブラック、こゆき、光源氏など使えるキャラは多いけど、自分の順位はこんな感じですー。

３つ程度挙げるなら、、、

1こゆき神化
手持ち次第ですが、エドワードエルリックいると激究極にしては楽に勝てるクエスト。サブの爆発友情が便利で汎用性も高く作って損はないです。
アヴァロン、アルカディアの爆絶運枠にできる他、ユミルのような難易度高めのクエストでも、普通につれていけます。

2道明寺あんこ神化
ステータスもそこそこ高く、拡散弾故にレーザーバリアやホーミング吸収の影響を受けない。
カルマやカナンの運枠として出番あります。

3エキドナ
帝釈天周回するのなら作っておくと便利。
それ以外ではヤマタケ零でもいい感じに使えます。
将来のアップデートで証つけられることを期待して運極していても２体目は作っておいて損はない。

あれ？超絶ってドロ2倍対象外じゃなかった？
てことで書庫からだと激究極全般
超絶もドロ率2倍ならなんだかんだ超絶全般

ツクヨミ
クシナダ
イザナミ
ヤマタケ
毘沙門天
摩利支天
大黒天
不動明王

みくも
ユミル
フカヒレ
おちせ
司馬懿
こゆき
マティーニ
ジョヤベルン
ワラベリオン
スコーピカ
光源氏
スフィンクス
ドリィ
カレン
ゴッサム
あんこ
ジュン
綱吉
エレシュキガル

書庫ならこの中から自分の手持ちと相談しながら選んで運極を作れば良いよ

書庫外だと爆絶全般とかイベント中の☆5制限降臨とか

爆絶目線で答えます。
使用率は蓬莱、エデン、アルカディア、アヴァロンが使用率が多いです。
なので自分ならツクヨミ、ジライヤ、司馬懿を優先にします！

あくまで個人的見解です。
1位クシナダ
2位ツクヨミ
3位ヤマトタケル

やっぱり超絶1周目は未だに優秀なキャラばかりですよ・・・イザナギは置いといて(笑)

一番はエデンじゃないでしょうか。

次いでクシナダですかね。よく使います。