モンストの回答詳細

このシステムには二度手間なんてありませんでしたよ。自分はちゃんとボード1をクリアしてボード2を出してからしっかりとクリアしたので。

そもそも1のボードには難しい事も書かれてませんし、ボード2のミッションがボード解放前にクリア出来るかなんて究極で実験出来ます(コラボキャラ入れてコラボ究極クリアのミッションくらいの簡単なものでも)
そうすれば全てのコラボキャラを運極にする前にまずボード1をクリアしないと、運極にした後にボード2でコラボクエストをクリアしないといけないという二度手間が発生すると分かるので、優先順位はボード1クリアが最優先だと気付きます。
ミッションそっちのけで1降臨で運極作ったとかの人には同情しますが、運極をまったり作る気ならまず終わらせるべきミッションを終わらせてから運極目指すと思いますが。

二度手間になったのはこのシステムの都合ではなく単純に主さんの調べ不足ですね。正規の手順でやれば二度手間なんてありません。
まあ、もしもボード2ミッションが未実装の状態でゼレフ超究極があって、クリアしたのに突然ボード2が出てきてゼレフ超究極ミッションが実装され「二度手間だ」というのであれば、それは運営側の問題ですが、ボード2のミッション実装してから超究極が出ましたよね？なら問題無いです。

ちなみに無駄ではないですよ。神化解放ミッションはクリアした事になるので、面倒ならボード2を諦めるのも手です、ボード1にすら目が行き届かなかったならもういっそのこと見なかった事にしましょう。