モンストの回答詳細

私がよく使うPTは、
イザナミ2、クシナダ、フレンド枠 チヨ or イザナミ

質問者様の所持キャラがどれかわからないので想像ですが、
超絶キャラはお持ちのようなので私の戦い方も参考になると思うので書いておきます。

最終ステージには行けるとの事なので、
要点だけ書いていきます。

まずイザナギは必要ないと思います。

第１ステージでゾンビを残して、蘇生してくる敵を倒し続けてSSを貯めてしまいましょう。
ボス突入時にSS12では遅いです。
それでは最初から道中ではSSを使わない事が前提ですよね？
そこらへんの考え方を変えないと攻略の幅が狭くなります。

ボス第２ステージ、忍者が2体、毒ヘビ2体、ボスの 戦い方について
ここでイザナミ1体だけSSを撃ちます。
最低忍者2とボス、弾き方が良ければ雑魚全部とボス、に当てます。
忍者がダメージウォールを張ると行動が制限されるため、ターンがかさみスピクリが厳しくなるからです。
イザナミのメテオでボスのHPを9割程削れるので、
他のキャラの友情コンボがうまく発動すれば1ターンでクリアする事も可能です。
まあだいたい2ターンクリアを目安で。

ボス第３ステージは、
雑魚牛を速く倒すのがポイント。
最初ボスは完全に放置して、
雑魚牛を重点的にライダーも巻き込みながら戦う。
うまく戦えたら特に厳しい所はないですが、
雑魚牛をうまく倒せないとジリ貧になり負ける可能性があります。
まあ負けるくらいならSSを使いましょう。

ボス最終ステージは、
質問者様も書いていますが、
ステージ右側に配置するように前ステージをから準備しておきましょう。
あとは残ったSSでごり押しです。
チヨのSSはボスと右側の壁か上下の敵との間で、うまくカンカンしましょう。
弱点がうまく合えばチヨだけで倒せるし、
合わなくてもHPのほとんどを削れるでしょう。

あとHPが残っていても4～5ターンで全滅してしまうのはしょうがないですね。
逃げ場がないので、
やられる前にやればいいのです！

とりあえずこんなところです。
参考になれば幸いです。