モンストの回答詳細

ヒット数と威力と発生時間が違うようです。
貫通ホーミングは二回ヒットするので発生時間が長め。

友情コンボの威力一覧に掲載されていた情報を参考に威力×ヒット数で単純にダメージ量を計算するとバランス型なら。
超強ホーミング8→10981×8=87848
ホーミング18→3294×18=59292
貫通ホーミング8→2342×16=37472

神化ローレライ超強貫通ホーミングは砲撃型なので砲撃型で友情コンボの威力一覧に出ていたのと比較しときます。
超強貫通ホーミング8→4684×16=74944
貫通ホーミング8→3345×16=53520

ホーミングの数にもよりますが同程度のものだとこうなるようです。
基本的にヒット数はホーミング18＞貫通ホーミング8＞超強ホーミング8
総威力は超強ホーミング8＞ホーミング18＞貫通ホーミング8
超強貫通ホーミングはヒット数とダメージ量をみるとバランスが良く、単純に貫通ホーミングの上位互換と言えるでしょう。

ここのテュポーン降臨究極攻略のページにクシナダの友情コンボのプラズマはワープに入る前にホーミングを発動させておくとホーミングが消えるまでプラズマが消えないとあります。
私は詳しく試してないのでどういうことなのかしっかり確認していませんが今でもその仕様があって組み合わせて使うのが前提なら発生時間の問題で貫通ホーミング＞ホーミング＞超強ホーミングの順で有効なのではないでしょうか。