モンストの回答詳細

結論から言うと素材があるなら進化→光神化→進化まではスライドできるので、使ってみて、自分の使用感や使用頻度をゆっくり見定めればいいかと。
どのモンスでもそうですが、進化・神化で性能が変われば使いどころも変わるのでどちらが一概にいいとは言えません。

以下はシンジ両方持っている私の使い心地とあなたの手持ちを加味した所見です。

進化シンジ：
アビ＆友情的には進化シンジは進化天草と行けるとこに大差ないので、ソロでどれだけイザナミや火GBありの降臨を回すかどうかと、連れていくステージでのSSの有用性で判断しましょう。
また、SSも神化に比べてMAX威力を出せる状況が限られるので出番がイマイチ。
対応ギミック２つ＋爆発SSの天草のほうが汎用性はあります。
（完全に蛇足ですが、イザナミ初クリは野良マルチで進化シンジ４でしたｗ）

光神化：
光神化は属性に加えて、貫通で友情＆SS性能も汎用性が高いので、DW＋地雷みたいな完全適正外ステージ以外割とどこでも連れて行けます。
また、減速の激しい貫通は神化ウリの友情：加速と相性がいいので、闇クエでは特に相乗効果が狙えます。（被ダメは増えるので注意）

貫通すべてに言えるが友情：プラズマと相性がいいので、上記組み合わせにクシナダや進化ルシファーを加えると完全適正外ステージでなければ安定して火力を出せます。

補足：
あなたの他の手持ちがわかりませんが、超絶未クリアなら進化でイザナミ→イザナミでクシナダ→光神化でツクヨミを獲得してしまえば、マルチで大抵の降臨に行けるようになります。（シンジの育成＋超絶モンスは進化に獣神２個とタスカン値が高いので育成大変ですが・・・）

エヴァ使用者として一言：
長くなりましたが最後に一言。
PS低いやつしかいないと地雷視されがちなエヴァキャラですが、PSさえ磨いとけば超絶でも十分対応可能な性能があるので頑張ってください。