学びの特急を活かすにはどっちのアトス？

加速は他キャラの性能依存になるので他に何を連れていくかにもよります。
が、加速で移動時間が延びるので周回にかかる時間も長くなります。
また、神化はゲージもあるので余計に時間がかかります。

単純に進化と神化のノマダンにおける単体性能を比較した場合進化の方が良いと思います。

ノマクエなら別に負ける訳では無いので
タスの関係のＨＰたくさんもらえるクエスト回ればいいですよ。
やりにくさは分かりますが他で補えるので問題ないです。
自分は今は学びついているキャラいませんが
以前ロミオに特級Ｍの学びの時はかなり周回しましたね。
水だけでしたが・・・・。
学びもいいですが結局実を入れ替えますので
付いている時に頑張ってノマクエまわりましょう。

自分は運極スルト１体に光ムラサメと学び　+　フレホーミング多いもの
（フレに学び特級がいれば自分の学びはやめて光ムラサメもう1体です。）

進化アトスの魅力はやはりロックオンワンウェイですが、水のクエストでは魅力が半減してしまいます。
木のクエスト以外でも連れて行くことを前提にするのであれば、適正以外のステージで他の適正キャラのサポートが出来る神化アトスの方が良いかもしれないですね。
それぞれのステージでアトス以外はある程度適正キャラで固めるかと思いますので、適正キャラの攻撃回数を増やすというポジションで連れていけばいいかと。

苦手属性主体のステージではロックオンよりスピードアップの方が仕事すると思いますよ。