モンストの回答詳細

① 私は手持ちにエクリプスが１体しかいないので、ソロで遊ぶ時にはリラ・アラジン・エクリプス、そしてフレ枠にリラを使っています。
友人とエクリ３体艦隊を試したことがありますが正直あまり…です。
クリア時にザコと壁の間に挟まってしまったりすると折角の加速を生かしにいけなくなってなかなかグダりましたね。
エクリプスの方が強いと思われるポイントは…
・加速によるＨＷの回復、直接攻撃によるザコ処理。
・ＳＳによるボスへの与ダメ効率の高さ。
・ＳＳ使用時の加速が有効に働く点。
にあると思われますので、面クリア時の配置とクリアするキャラ順、攻撃ターンの把握、回復するべき状況の把握、等の知識、ザコ処理等の角度調整等のいわゆる“ＰＳがある程度ある”事が必須だと思われます。
慣れるまでは軽い自強化のリラやアラジンの方が使いやすいのでは、と思っています。
４体編成は未経験なので他の方の意見を参照してください。

② 軽い自強化は“もうじきピンチになるかも”程度で使ってしまう派ですが、私の場合は回復のつくリラを優先的に使ってます。
最終面をエクリプスでクリアするので、２段階目までためてボスの緑ゲージで使っています。
最終面の処理方法が確立してるなら残しておくのも手だと思います。

③ 友人がやってるのを見ただけですが、他キャラの友情を出しにいっているだけでした。
なので貫通の妥協枠を入れる場合はリラ、アラジン、ジークフリートあたりの強友情キャラが必須だと思います。
そのあたりがとれるなら大黒天やヤマトタケルをとってきた方がいいと思います。(*´ω｀*)