ノマダンリニューアルに関して

ランクによるところが大きいでしょうね。

オーバー回復したとしても所有出来る最大量はMAXの2倍までです。
ランクが低ければ恩恵されるスタミナは低いままです。一気にクリアーしてランクを挙げてしまう方が効率的でしょう。大体ランク200未満であればこちらをお薦めできます。
ただ、スタミナが200くらい(ランク250以上)になると一気に化けます。

後半の大○○シリーズであれば2～3回のボーナスステージで確実にランクアップが狙えます。そこで200以上の回復を行えば一気に300以上、降臨6回分が一度に入ります。それを利用して書庫に入ってないクエストを周回するのは非常に効率が良いでしょう。
自分もそのように準備してます。
経験値が10万クラスで入ってくるのを見た途端に次のボーナスステージ攻略を保留しました。

なお、書庫に目的のクエストがあるのであれば5回分の周回は早いでしょうから一気に廻るほうが良いでしょうね。スタミナは出来る限り消費してランクアップを狙うべきです。

まあ、現状で考えるならば塔のスキップへの利用が理想でしょうね。

なんとも言えないですねぇ・・・。
ノマクエを一気にクリアすることによるメリットは、まとまったオーブが報酬でもらえる他に、レベルアップによるＭＡＸスタミナの上昇があります。
逆に、ボーナスステージを回復手段として残すことのメリットは、実質的なオーブの節約ができます。

突き詰めて考えるとやはりボーナスステージの温存によるスタミナ回復の方が効率性としては上だと思われます、が。
もしフルタイムで周回したいクエストがあったとして、手持ちのオーブが少量だと、ボーナスステージの回復を使ったとしても周回できませんよね。
一々、スタミナを回復するために次のボーナスステージを出せるまでノマクエをせこせこクリアして、時間を無駄にしていてはなんの効率性なのか判りません。
なのでとりあえず自分で安心できるぐらいのオーブをノマクエで回収しておいて、一時の回復手段としてボーナスステージを残しておく、くらいの塩梅でいいんじゃないでしょうか。

どっちにしても超絶フルタイム周回とかするのなら一回のスタミナ回復では追いつかないですからね。

率直に質問に深い意味がない場合
効率的というなら　後者でしょう

オーブなどの報酬を回収するために一気に終わらせる
が=　何に対しての効率的になるのかまずわからないです


緊急でオーブ５２個使い切ってでも
明日明後日で　運極10体完成させるとかなら
その目的のために　前者が効率的になりますが


まず何に対しての効率なのか
質問自体よくわからないですね笑